拿念珠的方法是：将念珠展开，右手四指下托，念佛或持咒时，从母珠(最大的那一粒，也称佛头) 旁的第一珠起，母指下掐，一句一珠，或一咒一珠，掐起到母珠时，应即刻由左向内转过头来，再从母珠旁的第一珠掐起，千万不要跨越或直掐而过母珠。经云：“ 不应越母珠，蓦过越法罪。”“因绳线表观音，母珠表弥陀也。”
另外，有些经典中对于掐珠的方法，也有不同的记载。《摄真实经》中对执持念珠的方法是这样 ：佛部：应用右手母指与头指(食指)掐之；金刚部：应用右手母指与无名指掐之；莲花部：应用右手母指与四指掐之；羯磨部：应用右手母指与四指掐之。《苏悉地经》中的记载是只有胎藏界三部：佛部：右手大指与无名指之头相合，中指与小指直立，头(食)指少屈，附于中指中节以掐之。莲花部：合大指与中指之头，余指皆舒而掐之。金刚部：合大指与食指之头，余指皆舒而掐之。《军荼利仪轨》云：以右大指捻头指当心拨珠，余三指散直(这是佛部的说法印，亦名“持明印”，这里则为“念诵印。左手引珠，右手持珠，如转**状。《无量寿仪轨》云：二手当心，各聚五指，如末敷莲花，左手持念珠，以右手大指无名指移珠，诵至最后一字移一珠。
以上均为佛典所载，实际大都为唐密使用方法。唐密佛珠有两个佛头，表白度度他。唐密之所以以母指与四指掐珠居多，因唐密五指以小指起表地、水、火、风、空，四指(即无名指)表水，唐密修行之真言种子，须借水浇灌之方得以发芽、生长。不过，现在大家都习惯了用《摄真实经》佛部和《苏悉地经》金刚部的方法。如果真的是发心修行的善男子和善女，还是以遵照经典记载的掐珠方法修持为好，因为功德究竟不同。
